目前我国港口航运燃油标准较低，船舶主要使用重油或劣质柴油，一艘燃油含硫量3.5%的船舶平均每天的排放量相当于21万辆卡车造成的污染，带来几十种致癌的化学污染物；一些地方在船舶污染治理的努力也面临着提倡性措施落地难、环保执法无抓手等多重困境。
随着我国雾霾攻坚战的持续深入，航运污染已成为继机动车尾气污染、工业企业排放之后第三大大气污染来源，区域联防联治机制亟待建立，同时参照国际标准制定船用燃油强制性标准，及时控制港口废气污染蔓延。
相比之下，世界十大港口中，我国内地港口占据八席，船舶燃油平均含硫率却高达2.8%－3.5%，部分高达4.5%，且多未进行有效尾气处理，带来的空气危害不容忽视。中山大学地球环境与地球资源研究中心主任周永章说，船舶进港时产生和扩散氮硫化物被认为是造成珠三角酸雨的重要因素之一，但空气监测站主要分布在城市，港口长期处于环保监测盲区。
研究船舶动力及污染控制长达十年的深圳市海事局危管防污处研究员洪汇勇说，停靠我国内地港口的船舶用的多是呈乌黑稠密状的廉价燃油，质量参差不齐且很难完全燃烧，远远落后于机动车燃油品质，造成的污染更加严重。
受访专家表示，航运污染已成为继机动车尾气污染、工业企业排放之后第三大大气污染来源，我国港口多集中在珠三角、长三角、环渤海等人口稠密地区，致癌废气笼罩港口城市带来巨大危害，加大航运污染治理刻不容缓。
为防治航运污染，深圳在全国率先采取财政补贴推广岸电和低硫油的方式治理航运污染，目前有15家航运企业共105条远洋集装箱船参与补贴计划，但记者调研中发现，这些举措在现实中仍遭遇多重困境。
由于远洋船舶具有国际性、流动性等特殊性，对其污染的控制远难于机动车。以蛇口集装箱码头为例，当地早在2012年就耗资千万元建了用于减少航运污染的岸电设施，但之后几乎无船问津。蛇口集装箱码头有限公司助理总经理王一泓说，岸电对船东没有经济效益，船东只希望尽量缩短在岸时间，因此靠岸时仍继续使用发动机燃油发电，没有强制力的岸电推广很难落实。
此外，国内绿色港口建设力度和进度不一，缺乏联防联治。污染排放治理会增加船舶运营成本，如果只是部分城市、部分港口对船舶实施污染排放进行治理，在航运业竞争激烈的背景下，一方面将导致一些船舶转向没有采取治理措施的港口停靠，整体污染仍没有减少，另一方面也会对率先实施严格管控的港口产生不利影响。深圳市市长许勤说。
提倡性举措缺乏强制力，也难以调动船企积极性。因为是采用补贴鼓励的方式，不少企业还在观望，当前港口低硫油配备尚不完善，能不能及时加到油是一个问题，而且低硫油切换是个技术活，当前补贴诸多细节还没落实，船企对改造成本仍存有顾虑。深圳市船舶代理学会副会长孔小燕说。目前深圳共有131个艘次已转用低硫燃油，总体占比不到10%。
更重要的是，远洋船舶燃油标准起步低，监管无抓手。根据国际防止船舶造成污染公约规定的船用燃油排放标准，船用燃料油(2535, 18.00, 0.72%)硫含量不得大于3.5%，2020年1月1日后硫含量不大于0.5%。当前3.5%的标准较低，国际上已有公约缔约国对国际航行船舶在港停泊期间的排放控制采取较高标准的先例，而我国专门针对船舶发动机的污染物排放限值标准尚未出台，环保监管缺少抓手。卢旭阳说。
因此，即使有能力使用低硫油的远洋船舶到达中国水域后，依然不为所动继续燃烧高硫油，这并不违反我国法律规定。而早在2010年起，在欧盟港口停泊超过2小时的船舶就已被当地立法强制性禁止使用含硫量超过0.1%的燃油。据了解，日本也考虑在周边海域设立硫排放控制区。
受访专家表示，清洁燃油增加航运运输成本，并进而影响部分港口的竞争力，这也是我国船用油标准迟迟未出的原因之一，但海洋经济的效率和环境保护不应顾此失彼，建议通过区域联防联治、船舶污染排放标准法定、经济手段促良性互动等方式，确保海洋经济在环保轨道上健康发展。
一是尽快编制船舶排放清单，同时制订区域联防联治等法律法规。深圳市人居委副主任李水生建议，国家可组成专门机构，参考相关国际公约，尽快制订符合我国国情的船舶重油污染排放标准，同时，以《大气污染防治法》修订为契机，增加我国港口船舶污染联防联治的内容，全国港口统一实施船舶重油污染控制。
二是在部分区域先行先试，将示范区成熟经验在全国推广。深圳市海事局危管防污处处长魏伟坚表示，港口船舶污染的治理亟须从国家层面统筹推进，可以由国家相关部门牵头，在部分海域设立船舶污染防治示范区，并争取在2017年前向国际海事组织申请设立硫排放控制区，为我国船舶污染防治提供经验借鉴，待时机成熟后予以推广。
三是通过经济手段调动船舶治污积极性。洪汇勇表示，美国纽约、新泽西港、西雅图港、加拿大温哥华港和新加坡港等先进地区通过港口费用减免、燃油补贴等经济手段，成功鼓励远洋船泊岸转用低硫油，值得我国效仿。只有通过国家、地方相结合的方式，研究实施船舶转用低硫燃油和岸电使用财政补贴和税费减免等优惠政策，才能逐步提升其使用比例。
广东外语外贸大学国际经济贸易学院教授肖鹞飞提醒，逐渐寻得周边国家在船舶治污方面的协作，最大程度减少治污对转口贸易的影响，长远说，这也是提高国际海洋经济竞争力的趋势和必经之路。
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