在过去的几十年里，由于人口迅速增长，而且大多数集中在长江两岸，从而诱发了大规模的围湖造田。长江流域的湖泊因此大面积萎缩，仅洞庭湖的面积就比全盛时期缩小了一半以上，江汉平原的湖泊从1000多个减少到目前的300个。
湿地面积的减少，加大了雨季洪水的危害。据史料记载，长江流域在唐代以前平均20年左右发生一次洪涝灾害，以后逐渐增加，进入29世纪80年代以来平均每两年一次，有时甚至连年发生。湿地的破坏还使水资源得不到涵养。中国人均资源占有量仅是世界人均占有量的25%，其中40%来自于长江。如不及时保护长江水资源，中国将很快面临严重的淡水危机。
流域内动植物的生存环境也被人类的各种开发活动严重破坏，100多种洄游性鱼类和上百种越冬候鸟面临威胁。
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