1.高黎贡山片区
该区是“三江并流”区域内植物物种多样性的集中展示区。其中东西绵延的常绿阔叶林，是现今我国乃至东亚保存最完好的一片，是特有的植物类群最丰富的地区。中科院生物多样性委员会将其列为“具有世界意义的陆地生物多样性关键地区”和“重要的模式标本产地”。该区还是展现怒江流域典型地貌特征的博物馆。包括了“怒江第一湾”及周边地区为代表的怒江深切河曲地质景观，其中的石月亮景点是怒江流域高山喀斯特溶洞景观的典型代表。高黎贡山自然保护区，是“三江并流”世界遗产范围内最大的自然保护区。
2.白茫──梅里雪山片区
这里有澜沧江流域的典型地貌，保存着大量的古深海大洋地质、生物遗迹和冰川、造山运动遗迹，也是滇金丝猴最为集中地和原始栖息地。梅里雪山主峰卡瓦格博峰海拔6740米，为遗产范围内的最高峰，至今仍无人成功登顶，藏传佛教宗教色彩浓郁。发育于卡瓦格博峰的明永冰川，其冰舌一直延伸至2650米海拔，是目前北半球海拔最低的冰川，同时也是纬度最低的冰川之一。周边青山翠绿，针阔混交林、湿性常绿阔叶林原生状态保存良好，代表了澜沧江典型的多样性自然地理特征。
3.哈巴雪山片区
区内拥有金沙江流域典型完整的高山垂直带自然景观。这里集中了从亚热带到高山寒带的各植被类型。寒温带针叶林是哈巴雪山自然保护区山地生态系统中最重要的生态系统类型，这类森林以复杂多样的中国—喜马拉雅成分为特色，是“世界遗产”最典型的高山针叶林保护区域。哈巴雪山主峰海拔5396米。山顶发育有现代冰川，它和玉龙雪山的冰川同为我国纬度最低的海洋性冰川。高山冰碛湖(黑海、黄湖、湾海)，体现了大理冰期时的古冰斗积水而形成的冰川遗迹，是“三江并流”提名地内惟一的“大理冰期”冰川遗迹分布区。
4.千湖山片区
位于迪庆州香格里拉县，区内遍布高山冰蚀湖100多个。其中以碧古天池和三碧海为代表，具有独特的高原森林湖泊景观价值。区内具有完整而独特的高山生态系统，高山草甸、杜鹃林及云冷杉林最具特色。黄杜鹃、黑颈鹤等珍稀动植物栖息其间，是“三江并流”区域内高原生物多样性集中体现的地区之一。
5.红山片区
包含了金沙江流域典型的高原夷平面，高山喀斯特等地貌特征完整的古冰川遗迹和丰富的植物生态系统、高原湖泊等多种景观类型，是“三江并流”世界遗产景观资源价值的典型展示区。其中，以尼汝──南宝草场、小雪山丫口高原地质景观最具典型意义。尼汝──南宝草场集中了高原冰蚀湖──高山草甸──硬叶常绿阔叶林生态系统。其中古冰川遗迹(南宝)，河谷人居环境(尼汝河)，高原泉华瀑布(七彩瀑布)等类型多、范围大、分布集中的景观资源，是具有极高保护价值和开发潜力的原始景观资源研究展示区域。同时，南宝河的古冰川地貌遗迹是“世界遗产”范围内发育最完整，展示最集中的第三期冰川地质遗迹。
6.云岭片区
位于怒江兰坪县境内澜沧江与其支流通甸河之间，主要保护以滇金丝猴为代表的野生动物及其栖息环境。最新调查发现，栖息在本保护区内的滇金丝猴共有4群，约占滇金丝猴现存总数的1/10。这可能是我国特产的滇金丝猴分布区最南端的种群，有极其重要的保护价值。该保护区森林覆盖率高达76%，大多保持原始状态，生物多样性相当丰富。区内野生动物分布广泛，据初步调查，共记录到哺乳动物28种，隶属7目13科。
7.老君山片区
位于金沙江流域下游，主要包含了金沙江流域的“高原冰蚀湖群”，高山杜鹃林、冰川溶洞地貌、高山草甸牧场和高山丹霞地貌等典型的景观类型。其中，“黎明—黎光丹霞地貌片区”作为“三江并流”典型的高山丹霞地貌集中发育区和金沙江流域景区展示和规范化保护管理示范区，具有典型的代表性。在海拔3200米以上有杜鹃林生态系统，杜鹃种类多达100种，是金沙江流域杜鹃花种类最丰富的分布区。
8.老窝山片区
位于澜沧江流域下游，迪庆藏族自治州维西傈僳族自治县，澜沧江西岸中挑和维登乡境内，是澜沧江流域的景观资源类型补充片区，以高山湖泊、高原草甸和野生花卉资源为保护重点，目前仍处在原始未开发阶段。极高的科学、美学和文化价值“三江并流”区内雪峰高耸，河谷深切，是世界上地形切割最为强烈，高差最大的地区之一。从海拔760米的怒江河谷到海拔6740米的梅里雪山卡瓦格博峰，高差达6000米之巨!由于山高谷深，自然险阻，又远离人口密集的城市，成为最少受人类干扰，自然性、完整性保持最好的地区。它是世界上罕见的高山地貌及其演化的代表地区，也是世界上生物物种最丰富的地区之一。同时，该地区还是世界上罕见的多民族、多语言、多种宗教信仰和风俗习惯并存的地区。最具特征的高山深谷地貌和自然景观。
“三江并流”地区经历了地质历史上的沧桑巨变。众多的地质遗迹见证了这块区域是由曾相距遥远，分别位于南、北半球的陆块拼合而成。经历了从海洋到岛弧，再到大陆的演变过程。“三江并流”地区集中体现了地球的地质动力学特征。巍峨的高山和强烈挤压变形的岩石是印度板块与欧亚板块碰撞，造山运动的产物。而深邃的峡谷又是与内力地质作用相抗衡，河流强烈下切的结果。在这块特殊的区域，内力与外力地质作用都充分的表现，共同塑造出极为多样化的地形地貌。世界罕见的动植物资源。
“三江并流”地区是南北交错，东西汇合，地理成分复杂，特有成分突出的横断山区生物区系的典型代表和核心地带，是世界上生物多样性最丰富的地区之一，名列中国生物多样性保护17个“关键地区”的第一位，“三江并流”地区占中国国土面积不到0.4%，但拥有中国20%以上的高等植物。有从热带到寒带大跨度的立体植被类型，包括许多受国家和省级保护的珍稀和濒危树种，如红豆衫、树蕨、云南铁杉等。多样化的气候、地形和植被类型又为动物提供了理想的栖息场所。
“三江并流”地区是欧亚大陆动物南来北往的主要通道和避难所，拥有许多其他地区难以见到的珍禽异兽，如滇金丝猴、独龙野牛、黑颈鹤、褐风蝶等。独具特色的民族文化。
“三江并流”地区居住着16个少数民族，包括纳西族、藏族、傈僳族、怒族、独龙族、普米族等。他们长期与自然和谐相处，形成了各具特色的生活方式，创造了丰富多彩的民族文化。其民居建筑和人居环境构成了“三江并流”自然大背景中的文化景观。
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