曾文溪发源自台湾岛阿里山山脉，向西流经嘉义县、台南县、台南市而由七股乡出海。河流长度138公里，流域面积1212平方公里，源头海拔2440米，主要支流有塔乃库溪、普亚女溪、草兰溪、后堀溪、菜寮溪、官田溪等。曾文溪水力资源丰富，上游有台湾最大的水库曾文水库，在曾文溪的支流上，尚有南化水库及乌山头水库等。由于曾文溪挟带砂石与生物碎屑在出海口沉积，提供了大量养分，因而河口地区蕴育了丰富的底栖生物与浮游生物，也吸引了大批水鸟在此处栖息。珍贵鸟类黑面琵鹭即栖息在曾文溪河口北岸，因此设有黑黑面琵鹭生态保护区。
基本信息
中文名： 曾文溪 所在洲： 亚洲 流经区域： 台湾 流域面积： 1212 长度： 138.47 源头： 台湾岛阿里山山脉 源头海拔： 2440 主要支流： 塔乃库溪、普亚女溪 特色物种： 黑面琵鹭 水利建设： 乌山头水库
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信息
溪名：曾文溪长度：138.47km
源头海拔：2,609m
平均流量：－m³/s
流域面积：1,176.64km²
源头：水山
注入：台湾海峡
流域：台湾
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历次改道
道光三年此次改道后的曾文溪主流并未因此而安定下来，在其 后的百余年间亦经数次大改道。
同治十年（I871年） 经蚝壳港（蚵壳港）横西至公地尾，即沿原之副流转南经士城仔合第一次改道之下游转西由鹿耳门出海，以致建于康熙五十九年（1720年）在鹿耳门南岸的天后宫被冲毁于该溪流中，蚝壳港南边的 芦竹仑则整村被毁而徙至现之海寮南边而为新吉在（新结集村庄之意）。
明治37年（1904年）曾文溪又改道由三股溪经国赛港入海，十份塭被冲毁而迁至公地尾西南处重建村落。明治44年（1911年）曾文 溪山洪再发后改道由十份塭、青草仑入海，蚵壳港整庄被毁，其庄民四散，另十份塭亦再被冲毁，成为河川溪床的一部分。
昭和6年 （1931年）曾文溪治水工事兴工，使得曾文溪沿岸许多村庄如檨仔林、金德丰、五块寮、十份塭等村庄又被迫大举迁庄，例如此时十份 塭复迁回原在址南侧溪边建庄，部分则另于其南结在下十份塭，及其东而为溪埔。须至昭和13年（1938年）六月1日治水工程告竣时，此 一居民戏称为「青冥蛇」的曾文溪，其四处乱窜的溪道始固定，也一直到此时居民备受威胁的生活空间才大略底定。
次数 溪名时间经过地方出海口改道原因一湾里溪 (欧汪溪) 道光三年前 (西元1823年) 吧哖(今玉井)、石仔濑、茄拔、苏厝甲、入欧汪溪出海。 将军乡顶山仔脚 二曾文溪 (鹿耳门溪)道光三年～ 同治十年(1823~1871)
苏厝甲以上流路与前期同，以下则分主、分流，主流改由菅寮(安定乡管寮)、经溪埔寮、学甲寮南边汇入鹿耳门溪出海。另一分流自菅寮向西经蚵壳港，于今日国圣大桥处转南，合主流入海。鹿耳门 道光三年暴风雨三曾文溪 (三股溪、鹿耳门溪)同治十年～ 明治32年(1871~1904)
原北分流自国圣大桥转西北接三股溪出海，另分出支流向西于国圣大桥转南，并入鹿耳门溪出海。鹿耳门溪旧流路则偏向南边出海，冲毁古鹿耳门天后宫。鹿耳门 同治十年暴风雨四曾文溪 (三股溪、鹿耳门溪)
明治32年～ 明治44年(1899~1911)
主流自公地尾一分为二：北支流经由三股仔入三股溪至国赛港出海；南支流则经土城仔东边，由鹿耳门溪旧出海口入海。北：国赛港
南：鹿耳门
明治32年暴风雨五曾文溪明治44年以后(1911~ )
主流由国圣大桥向西冲破沙洲出海，鹿耳门溪断流。昭和六年(1931)曾文溪河堤兴建，鹿耳门溪及三股溪旧流路被切断，河道缩小。青草仑西北
1.明治44年暴风雨 2.昭和六年曾文溪河堤兴建
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概述
曾文溪为中国台湾第四大河，也是台南地区最大的河流，全长138公里，河域面1177平方公里。发源自阿里山山 脉，向西流经嘉义县、台南县市而由七股出海。曾文溪有丰富的水力资源，全台湾最大的水库曾文水库，即在曾文溪上游,此外，在曾文溪的支流上，尚有南化水库。曾文溪中游以下，坡度渐缓，河水寒山量很多，至下游出口后，成为台南海埔地的主要沙源。曾文溪河水挟带砂石与生物碎屑在出海口的沉积，加上潮水的作用，提供了大量养分，因而蕴育了丰富的底栖与浮游生物资源，吸引了大批水鸟在此处栖息。曾文溪上游为嘉义县山区少数未为人为破坏的溪流之一，原始林相完整，野生动物不少，如绿蓑鹭，食蟹蒙等。上游多峡谷瀑布等困难地形，续往上溯行可探霞山山区诸山。 -
水资源
曾文溪有丰富的水力资源，全台湾最大的水库曾文水库，即在曾文溪上游，此外，在曾文溪的支流上，尚有南化水库及乌山头水库等，除了供水发电之外，也都成为重要的观光景点。此外，由於曾文溪挟带砂石与生物碎屑在出海口沉积，提供了大量养分，因而蕴育了河口地区丰富的底栖生物与浮游生物，也吸引了大批水鸟在此处栖息。着名的珍贵鸟类黑面琵鹭即栖息在曾文溪河口北岸，因此设有七股黑面琵鹭保护区。 -
流域
曾文溪流经台南县楠西乡、玉井乡、大内乡、山上乡、善化镇、官田乡、麻豆镇、安定乡、西港乡、七股乡、最後在台南市安南区和七股乡之间，流入台湾海峡，全长138.5公里，流域面积1176.7平方公里，源头海拔高2440公尺，其主要支流有塔乃库溪、普亚女溪、草兰溪、后堀溪、菜寮溪、官田溪等。
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鱼类分布
曾文溪流域的鱼类部份迄今累计共记录到46科120种，较过去文献中所记录之 5科27种增加甚多，主要是因为过去在曾文溪的下游及河口并无任何调查之鱼种资料。其中包括3种新种，6 种台湾新记录种，7种台湾特有种，及14种外来种。三种新种均属虎科中的褐吻虎，它们分别是短吻虎、斑带吻虎、南台吻虎（ 1996）。其中除短吻虎在西部主要河川的上游均有分布外，另外的斑带吻虎及南台吻虎两种，目前均仅分布在曾文溪及高屏溪较高海拔的水域（陈, 1994），因此弥足珍贵，应予保护。七种台湾特有种中，台湾间爬岩鳅、台湾石、粗首、短吻镰柄鱼、及台湾马口鱼为普遍存在于台湾，除东部以外之水系；埔里中华爬岩鳅则只出现在中南部地区，何氏棘则只在东部及南部，而以曾文溪为其北界。
上游鱼类共25种，其中以鱼及台湾石为优势种，此二种的稚鱼几乎整年都会出现，故推测其生殖期为全年，但稚鱼出现以夏季为多，余较少，故上游鱼类的生殖活动除可能受水温及食物量两项因子所控制外 ，曾文溪的流量即降雨量亦可能为其主要的控制因子。中游鱼类共21种，中游地区因受到水库拦水之影响，溪水变浅，流速迟滞，因此水温较高，溶氧降低，故所调查记录到的鱼种，多以湖泊栖性的鱼类为主，如鲤、鲗、团头鲂或吴郭鱼等。
下游鱼种高达94种，占所有鱼种的78%。其组成受取样及乾溼季之影响甚钜，即旱季时，海水鱼可入侵20公里 （至西港一带），故曾文溪下游鱼类群聚之变动受季节性之影响颇大。
综合而言，曾文溪上游除外来种外，本土之鱼种虽少，但尚称稳定；中游污染较严重，鱼种虽不少但不稳定；下游则因海水鱼入侵而使鱼种多而复杂，群聚亦不稳定
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黑面琵鹭
每年大约秋分过后，来自北方的娇客黑面琵鹭，重要栖息地就是在台南县曾文溪北岸。
台南县政府农业局森林及自然保育课长颜秋雄说，县府公告黑面琵鹭保育区约三百公顷，另农委会所划设其重要栖息地则约六百三十四公顷，不得开发或利用。这一区大致为河口沼泽湿地环境，可分成沙洲、泥质滩地、水域与周遭的鱼塭、养殖池等栖地类型。动植物如黑琵、招潮蟹、鱼虾、湿地及红树林等等，自成一生态体系。
南县府在七股设置黑面琵鹭保育管理中心，期使成为国际黑琵研究重镇外，藉此推广休闲旅游及湿地生态保育观念。