空调污染引起的传染性疾病主要是军团菌病。这种病是由空调中的军团菌所引起的可致死疾病，多为散发或小流行，也可爆发流行。发病特征为肺炎伴全身性毒血症症状，严重者出现周围回圈衰竭、呼吸衰竭。我国自1982年在南京发现首例病人以来，包括香港和台湾地区，相继有军团菌病暴发和个别病例的报道。
空调污染所引起的过敏症包括过敏性鼻炎、哮喘、过敏性肺泡炎等。引起过敏症的过敏原包括细菌、真菌、尘螨等。这些过敏原可能来自室外空气，也可能来自空调系统，如通风管道里沉积的颗粒物、冷却塔、加湿器产生的微生物气溶胶等。
不良建筑综合征。亦称为病态建筑物综合征或写字楼综合征，是活动在不良建筑内的人群产生的眼、鼻和咽喉剌激症、头痛、疲劳、全身不适等一系列自觉症状，这些症状在离开该建筑物之后可以得到改善和消失。
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