鄱阳湖由于一项即将建设的水利工程成为公众焦点。为了避免鄱阳湖连年枯水、湿地减少、自净能力减弱的局面，江西省希望兴建鄱阳湖水利枢纽化解这一困境。
部分环保学者担心该工程建设之后，将引发江湖连通、湖区湿地保护和长江鱼类洄流等一系列生态问题。鄱阳湖是长江的“绿肺”，如若被破坏，将危及长江中下游的生态安全。
江西省发改委主任姚木根认为，这个工程是国务院批复的《鄱阳湖生态经济区规划》的一项重要内容，目的恰恰是为了保护鄱阳湖的生态。另外，江西已邀请有关专家对工程建设涉及到的湿地候鸟、鱼类洄游、江湖关系等六大课题进行全面论证。
从2005年开始，鄱阳湖持续出现低枯水位，由此引发了三个方面的生态问题：
一是湿地干枯、生物退化、越冬候鸟减少。近几年来鄱阳湖越冬的候鸟已经从往年的100万只减少为50万只左右；二是沿湖300多万亩农田无法灌溉，沿湖地区100多万人饮水困难；三是血吸虫病防控难度加大，部分地区有蔓延之势。
产生上述问题的主要矛盾是枯水——近几年来，每当进入秋季，长江下游水位减少，显著“拉空”鄱阳湖的水位。从而每年鄱阳湖枯水期提前了四十多天，又延长了一个半月才结束。水量的减少，直接导致鄱阳湖自净能力的退化。每年进入秋冬季后，鄱阳湖局部水域出现富营养化趋势。姚木根认为，《鄱阳湖生态经济区规划》提出建设这个水利工程，既考虑了湖区生态环境当前面临的主要矛盾，又考虑了长远如何使湖区生态环境状况得到根本改善，使鄱阳湖永远成为一湖清水。
对于工程建设将破坏鄱阳湖水质的担忧，江西省水利厅厅长孙晓山认为，鄱阳湖有80亿立方米的库容，每年过水量是1400亿立方米，能换17次。一般的湖泊每年换6-7次，水质就不会变差。
此外，考虑到工程建设可能引发的生态安全问题，原来鄱阳湖水利枢纽工程设计的防洪、灌溉和发电三大功能中，防洪功能已经取消；为了保护洄游鱼类，发电功能也已取消。这意味着：江西不仅每年少了10亿度电，灌溉功能也由于水位调低，效果大打折扣。惟一的好处——鄱阳湖不再枯水。
孙晓山表示，工程建成后，将对鄱阳湖湿地进行调节，确保越冬候鸟有食物吃。按照现在设计的水位运行，包括吴城国际湿地保护区的一千多平方公里的湿地都不受影响。另外，即便建设这个工程，鄱阳湖每年依然有半年的时间与长江自然连通，这与长江大部分鱼类洄流时间正好吻合。
对于工程必然破坏生态，孙晓山不赞成，“现在鄱阳湖内所谓的湿地，许多是以前人工围湖捕鱼形成。”
另外，他还表示工程建设之后，这个水利工程将成为三峡工程的补充——每年七八月份，长江进入汛期，鄱阳湖就拦蓄洪水。等两个月后，三峡开始蓄水，鄱阳湖就开始放水，正好补充了下游正常的流量。“三峡工程蓄水量有200亿立方米，鄱阳湖能调100亿立方米下去，”他还强调，“这个工程的水资源调度权不归江西省，由国家长江水利委员会调度。”
水利部一位管科研的专家评价说，这项水利工程完善了50多年的中国水利发展思路。如果建设，将是中国水利史上第一次算生态账优先于算经济账的工程，真正实现了水利工程为生态、为经济发展服务。
经国务院正式批复的《鄱阳湖生态经济区规划》提出，“建设鄱阳湖生态经济区的战略定位是‘三区一平台’，即全国大湖流域综合开发示范区，长江中下游水生态安全保障区，加快中部地区崛起重要带动区，国际生态经济合作重要平台”并要求“要在全面分析利弊的基础上，按照保护湿地、保障供水安全、调枯不调洪，控制血吸虫病的原则，适时建设水利枢纽工程”。
为推进鄱阳湖生态经济区建设这一国家战略，江西省将鄱阳湖生态经济区的内涵概括为：特色是生态；核心是发展；关键是转变发展方式；目标是走出一条科学发展、绿色崛起之路。
姚木根认为，从国家对鄱阳湖地区发展的定位和内涵上去理解，如果不建这个水利工程，湖区持续干枯、生态退化，就难以为大湖流域的开发提供示范，难以保障长江中下游的水生态安全，难以保护湿地候鸟开展国际生态经济合作。“这个水利工程确实是建设鄱阳湖生态经济区的关键性工程。”
鄱阳湖地区的经济总量占江西省60%，人口占江西省近50%，这个地区被江西视为最具开发潜力的地区和实施中部崛起战略的支点。因此这个工程对江西的发展、保障长江中下游水生态和中部崛起，意义重大。
这项工程是否建设将取决于权威专家的论证结果,最终上马必须要上报国务院总理办公会议研究决策。
“鄱阳湖虽然在江西，但工程是国家的，要由国家严格论证和审批。所以不论是江西，还是有关部委，对这个工程都是高度重视的。我们请六位院士担纲六项研究课题，既是国家的要求，也是对工程、对鄱阳湖负责。”姚木根表示。
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